迟到扣款的入账处理通常遵循以下步骤：

记录罚款金额

由财务部门或负责罚款的部门根据公司规定，将罚款金额记录在公司的财务系统中。

工资扣除

将罚款金额从员工的工资中扣除，这一步骤可能需要通过工资系统或手动操作完成。

罚款金额转入指定账户

将扣除的罚款金额转入公司指定的罚款账户。

罚款金额分配

将罚款账户中的金额按照公司规定进行分配，如用于赔偿、公益捐赠等。

记录分配结果

将分配结果记录在财务系统中，确保罚款的透明度和合规性。

具体的会计分录可能包括：

罚款通知时的分录：

计提工资时的分录（考虑扣除迟到罚款）：

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借：管理费用或是销售费用—工资

贷：应付职工薪酬—工资

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借：管理费用或是销售费用—工资

贷：应付职工薪酬—工资