办理总公司汇算清缴的步骤通常包括：

收集准备资料

汇总各分公司的财务报表、凭证、发票等与企业所得税相关的资料。

编制汇算清缴申报表

根据税法规定和税务机关发布的通知，编制企业所得税汇算清缴申报单。

计算应纳税额

按照企业所得税法规定的计算公式，计算公司的应纳税额，包括应纳税所得额、税率、税收优惠等因素。

缴纳企业所得税

根据计算所得的应纳税额，按照税务机关规定的缴款方式和时间，将税款缴纳到指定的银行账户或其他支付渠道。

汇总预缴税款

将各分公司预缴的税款情况汇总，计算总公司的应纳税所得额和应纳税额。

进行汇算清缴

根据汇总的预缴税款情况，进行企业所得税的汇算清缴。