工程发票的抵扣通常遵循以下步骤进行：

获取增值税专用发票：

确保发票符合税法规定，并包含开票日期、商品名称、金额等信息。

发票认证：

将发票信息录入税控系统进行认证，认证成功后，在纳税申报期内将发票信息填写在增值税纳税申报表中。

计算可抵扣税额：

根据税法规定，计算可抵扣的税额，并在当期增值税应纳税额中进行抵扣。

核实发票真实性：

在抵扣前，需要核实发票的真实性和合规性。

支出金额要求：

工程税务抵扣的支出金额需要超过不动产原值的50%。

发票入账：

将发票登记入账，并核对发票金额、税率等内容。

税务处理：

在工程竣工决算前取得的进项税额，需要先按照工程预算金额计算是否超过不动产原值的50%，超过则待决算后再进行前期税务处理。

认证期限：

自2017年7月1日起，增值税一般纳税人取得的增值税专用发票，应自开具之日起360日内认证或登录增值税发票选择确认平台进行确认。

请注意，税法规定可能会有更新，因此在进行抵扣时，应参考最新的税法规定和公告。