工程发票的完税流程通常包括以下几个步骤：

发票开具

不论是总承包还是分包工程，在结算时都需要到工程所在地的税务机关开具发票并即时完税。

分包人向总承包人收取款项时需开具发票并完税；总承包人向业主收取款项时，可以使用分包人开具的发票作为已完税依据进行抵扣，余额部分需缴税。

税务申报

增值税进项税额的认证期限通常在每月的申报期（如15号）之后至月底（如31号）之前。

销项税的抄税期限是每月的1号至9号，之后可以使用金税卡打印增值税发票使用明细。

网上申报的期限是每月的1号至15号，纸质资料报送时间也是1号至15号。

缴纳税款

工程款应缴纳的税种包括营业税、个人所得税、城建税、教育费附加和印花税。

一般纳税人跨县（市）提供建筑服务时，需要按照规定的预征率在建筑服务发生地预缴税款，然后向机构所在地主管税务机关进行纳税申报。

小规模纳税人跨县（市）提供建筑服务时，同样需要按照规定的征收率在建筑服务发生地预缴税款，并进行纳税申报。

其他注意事项

建筑业提前开发票时，应按照合同价款确定收入总额，并根据完工进度确认当期收入和成本，再计算缴纳企业所得税。