工商部门查账通常是为了调查企业是否存在违法行为，如偷税、漏税或瞒报收入等。查账的方法主要包括：

现金和银行存款账

检查企业资金流动情况，核对收支记录与银行对账单是否一致。

审查企业存款记录，确认是否有未调节的账目差异。

费用账

考核企业的支出项目，如车间经费、企业管理费等，检查是否符合规定和是否存在超支现象。

仔细检查修缮费、修理费等支出，确认是否将基建费用错误计入成本。

往来账

审查应付款项，确认是否有不应开支的项目被挪用或抵销。

检查暂付或借款记录，防止非法报销或变相贪污。

材料账

核查材料直接运杂费是否正确计入材料成本。

审查是否有将不正当开支，如请客送礼、超规定补助等，计入材料账户。

注册资本情况

了解企业注册资本的到位及使用情况。

其他特定检查

检查是否存在虚假验资和抽逃资金现象。

审查企业是否有设置外账，以及是否有经营异常或地址变更。

查账的基本程序包括：

准备查账工作，了解企业的会计凭证、账簿和报表。

审查会计科目设置，核对总账与明细账的一致性。

检查会计报表，核实企业财务状况。

审查发票存根，核对发票金额与记录是否相符。

实地检查企业仓库，确保记录准确无误。

工商局查账的法律依据是《工商行政管理所条例》，旨在规范工商所工作，发挥工商行政管理的职能作用。