当涉及到损坏设施的赔偿款开票问题时，应遵循以下步骤和原则：

确定赔偿金额

根据赔偿协议或合同，明确赔偿金额。

选择开票类型

如果赔偿是由于提供的服务或销售的商品造成的，应开具增值税发票。

如果赔偿与企业的核心业务无关，可能只需开具收据。

准备开票信息

包括赔偿方和被赔偿方的名称、纳税人识别号、地址电话、开户行及账号等。

开票操作

在增值税发票管理系统中进行开票操作，录入必要信息，并选择正确的发票代码和号码。

发票确认与打印

核对发票信息无误后，打印发票并加盖财务章和发票专用章。

发票交付与存档

将打印好的发票交付给被赔偿方，并进行登记存档。

遵守税收法规

确保发票的真实性和合法性，如实申报纳税。

入账处理

根据财务规定，将赔偿款记入相应的收入科目，并按规定缴纳企业所得税。

请注意，具体情况可能因国家或地区的税法差异而有所不同。务必遵循当地税务规定，并在必要时咨询专业税务顾问或会计师。