保存运费发票可以采用以下几种方法：

纸质保存

将发票按时间顺序整齐叠放，或使用专用发票夹存放，确保不皱不折，便于查找。

使用透明硬胶套（A5或A3规格）将发票装好，或使用过塑相片的方式将纸张过塑，以保护发票不受潮湿和损伤。

存放地点应选择干燥、防潮、防火的环境，可以使用书夹减少纸张挪动和摩擦，或使用塑料袋真空压制保存。

电子保存

使用扫描仪将发票扫描成电子版，保存到电脑或移动设备中，便于搜索和管理。

利用云服务（如百度网盘、Dropbox等）上传电子发票，实现随时随地访问和备份。

通过财务软件录入发票信息，实现电子化管理，便于与其他财务数据关联分析。

使用专门的发票管理手机应用，方便实时拍照上传，自动识别发票信息，并存储在云端。

其他注意事项

发票保管时，应制作发票清单，记录发票号码、金额等信息，便于管理和查验。

定期对发票进行整理，删除过期的发票，保留必要的发票以备查验。