农业公司在交税方面需要遵循以下步骤和规定：

了解适用的税种

增值税：销售自产农产品通常免征增值税。

企业所得税：从事农林牧渔业项目的所得可能免征或减征企业所得税。

其他税种：可能包括印花税、资源税、房产税、土地使用税等。

纳税登记

在工商行政管理部门进行登记，并向当地税务部门申请纳税人登记。

计算应纳税所得额

收入减去成本、费用和损失后的余额。

缴纳税款

根据税务部门的要求，通过线上或线下方式缴纳税款。

报税申报

按时向税务部门进行报税申报，内容包括纳税情况、税种、税率、缴纳金额等。

遵守税收优惠政策

小型农业企业可能享有减免税的优惠政策。

特定产品如农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机等可能涉及不同的税收政策。

税务审计

税务部门有权对纳税人进行税务审计，如发现未缴税款等问题，将接受相应的处罚。

请根据最新的税法规定和农业公司的具体业务情况，咨询当地税务部门或专业税务顾问，以获得最准确的税务指导。