分公司纳税的方式取决于其是否满足独立核算的条件以及是否与总机构位于同一县（市）。以下是分公司纳税的主要方式：

独立核算的分公司

如果分公司符合独立核算的条件，它可以单独申报缴纳企业所得税。

分公司应适用其所在经营地的企业所得税税率。

分公司的年度亏损在确定总公司的年度应税所得时不能抵减。

非独立核算的分公司

如果分公司未办理税务登记或者不符合独立核算条件，其税款将由总公司汇总后统一缴纳。

总公司和分支机构在所得税上算作同一个纳税主体，实行“汇总纳税”。

增值税

分公司若办理了税务登记，则为独立的增值税纳税人，应单独申报缴纳增值税。

分公司需向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。

如果总机构和分支机构不在同一县（市），应分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。