处理异常增值税扣税凭证时，应遵循以下步骤：

自查核实

收到税务机关关于发票异常的通知后，纳税人应立即与税务机关联系，了解具体情况，并进行业务真实性自查。

税务处理

若纳税人确认交易真实有效，可根据纳税信用等级采取不同措施：

纳税信用A级纳税人，在接到通知后10个工作日内可向主管税务机关提出核实申请。税务机关核实后，如符合规定，可不作进项税额转出处理。

出口退税处理

对于适用增值税免抵退办法的纳税人，若已办理出口退税，应根据异常凭证上注明的增值税额作进项税额转出处理。

若适用增值税免退税办法的纳税人，税务机关将追回对应的已退税款。

异议处理

如果纳税人对税务机关认定的异常凭证有异议，可在接到通知后10个工作日内提出核实申请。税务机关核实后，如符合条件，纳税人可继续申报抵扣或重新申报出口退税（增值税）、继续申报抵扣消费税税款等。

其他注意事项

对于骗取出口退税的纳税人，在停止出口退（免）税期间取得的增值税专用发票被列入异常凭证范围的，进项税额暂不允许抵扣，已抵扣的需要作进项税额转出处理。

请根据具体情况采取相应措施，并确保与税务机关保持沟通，维护自身权益。