货运代理企业在进行增值税抵扣时，应遵循以下步骤和注意事项：

收集合规发票

向运输服务提供方索取增值税专用发票或其他合法有效的发票。

确保发票信息准确，包括服务名称、数量、单价、金额等。

审核凭证

对收集到的发票进行审核，确保其真实性、合法性和有效性。

关注发票的开具日期、开票单位、税率等信息。

抵扣申报

在增值税纳税申报时，将符合条件的运输费用作为进项税额进行抵扣。

按照税务部门的要求，正确分类和归集抵扣信息。

税务审核

配合税务机关的审核工作，提供必要的补充资料或进行现场核查。

建立抵扣管理制度

选择能提供合规发票的供应商，确保进项税的合法性和准确性。