工程质保金的扣除方式主要有以下几种：

逐次扣留

发包人在支付工程进度款时，按照预先约定的比例逐次扣留质保金。

一次性扣留

在工程竣工结算时，一次性从工程总造价中扣除质保金。

单独收取

在工程开始或结束时，在工程款之外单独收取质保金。

质保金的具体比例通常由合同双方约定，并可能受到相关法律法规的约束。例如，根据《建设工程质量保证金管理暂行办法》，质保金通常为工程总造价的一定比例（如5%）。

质保金的主要目的是确保工程在缺陷责任期内得到适当的维护和修理。如果工程在缺陷责任期内出现缺陷，相应的维修费用可以从质保金中扣除。

质保金的具体操作过程可能包括：

质量保修期管理部门根据合同条款和实际维修情况提出扣除质保金的通知。

经过审核后，由质量保修期管理部门通知合同乙方，并在财务部返还质保金时扣除相应金额。

质保金的扣除应当遵循透明、公正的原则，确保双方的利益不受损害。