当企业扣除货款时，会计分录通常如下：

1. 如果扣除的货款是因为客户违约或其他非正常原因，可以计入营业外收入科目。

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借：应付账款-XX

贷：银行存款

贷：营业外收入

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2. 如果扣除的货款是因为商品存在质量问题，这属于销售折让，应冲减当期的销售收入。

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借：主营业务收入（折让的金额）

贷：应收账款

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3. 如果扣除的货款是因为客户在收到货物后要求扣除，则可能涉及主营业务收入和应交税费的调整。

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借：银行存款

贷：主营业务收入

贷：应交税费-应交增值税-销项税

```

4. 如果扣除的货款是因为支付给供应商的货款中包含了某些费用，需要从应付账款中扣除，则会计分录为：

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借：应付账款-供应商

贷：库存商品

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请根据具体情况选择合适的会计分录进行记账，并确保所有记账操作符合相关会计准则和税法规定。