当企业在报税时遇到进项负数的情况，通常是因为发生了购进退回或取得的进项发票已经跨期，销售方无法直接作废，只能开具红字发票。以下是处理进项负数发票报税的步骤：

确认负数发票的真实性和合法性

检查开票方是否与自身有业务往来。

确认发票的开具是否符合税法规定。

录入负数发票信息

在财务软件中记录负数发票的相关信息，如发票号码、开票日期、金额、税额等。

填写增值税申报表

在增值税申报表附表二和主表的进项税额转出栏填入负数发票的税额做转出。

如果涉及红字发票，需要在增值税申报表附列资料（一）的“纳税检查调整”栏目中填列相关信息。

抵扣进项税额

负数进项专票可以在当期抵扣进项税额，但抵扣金额不得超过当期销项税额。

核对申报数据

确认申报数据与财务数据一致，确保申报准确无误。

处理特殊情况

如果负数发票是由于退货等原因引起的，需要有合理的解释，并获得税务机构的同意。

请注意，具体的报税步骤和要求可能会根据当地税法和规定有所不同，建议咨询当地税务机构或专业税务顾问以获得最准确的指导