销售代垫运费的开票流程通常包括以下几个步骤：

确认运费支付方

如果运费由销售方支付，则不存在代垫问题，运输方直接向销售方开具运费发票，销售方将运费计入货物成本。

如果运费由客户支付，但由销售方先行垫付，则属于代垫运费行为。

索取发票

销售方从承运方获取代垫运费的发票，并注明“代垫运费”及承运方信息。

填写发票

销售方根据代垫运费的发票填写增值税专用发票，注明“代垫运费”及承运方信息。

提交发票

销售方将代垫运费的发票和增值税专用发票提交给购买方，供其报销或冲抵货款。

存档备查

销售方将代垫运费的发票和增值税专用发票存档，以备税务检查。

在整个过程中，销售方需要确保所提供的发票真实有效，并且发票内容必须真实、完整、准确。

请根据具体情况调整上述步骤，并遵循当地税务规定。