当运费发票未到，但企业已经支付了运费时，会计人员通常会根据具体情况做账务处理。以下是两种常见的处理方式：

预付款处理

当企业支付运费但尚未收到发票时，一般先做预付款处理。

会计分录为：

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借：预付账款

贷：银行存款

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暂估入账

如果企业急于将运费计入成本，可以选择暂估入账。

会计分录为：

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借：原材料/应付账款

贷：银行存款/库存现金

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下月初，使用红字冲销之前的暂估入账分录：

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借：原材料（红字）

贷：应付账款（红字）

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当发票收到后，根据实际发票内容进行正式记账：

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借：原材料/应交税费

贷：应付账款/银行存款

```

请注意，如果运费是作为采购原材料的一部分，则应计入“原材料”科目；若是销售货物产生的运费，则应计入“销售费用——运费”科目。

以上处理方式应结合企业的实际情况和当地税务部门的规定进行。