公司间往来款项的入账处理遵循以下步骤和原则：

记账凭证

记录双方收支明细，注明具体交易事项，供审计使用。

会计分录

根据记账凭证，使用借贷原则进行记账。

登记往来款的收支，并在两个账户上分别记录，便于验账。

科目分类

根据实际业务，往来款项通常计入以下科目：

应收账款

应付账款

其他应收款

其他应付款

预付账款

预收账款

具体分录示例

资金出借方（资产类科目）：

借：其他应收款

贷：银行存款/现金

```

资金借入方（负债类科目）：

```

借：银行存款/现金

贷：其他应付款

```

内部往来款：

总公司与分支机构之间的往来交易：

```

内部往来款

总公司与分支机构之间的往来交易：

分公司：

借：存货

贷：内部往来—总公司