磁卡赔偿的开票流程可以遵循以下步骤进行：

确定赔偿金额

根据赔偿协议或合同，明确赔偿金额。

选择开票类型

根据赔偿原因，选择增值税普通发票或增值税专用发票。

准备开票信息

准备赔偿方和被赔偿方的名称、纳税人识别号、地址电话、开户行及账号等信息。

开具发票

在增值税发票管理系统中进行开票操作，录入上述信息，选择发票代码、发票号码、开票日期等。

确认发票

核对发票信息是否准确无误。

发票打印

将开出的发票打印出来，并加盖财务章和发票专用章。

发票交付

将打印好的发票交付给被赔偿方。

登记存档