企业在进行质量体系认证时，通常需要支付的费用主要包括：

审核费用：

包括初审费用和年审费用。初审费用受企业人数、行业、场地数量等因素影响，年审费用通常低于初审。

咨询费用：

企业为提升认证通过率，可能会选择咨询公司进行辅导，费用依据咨询公司的专业水平和服务内容而定。

认证费用：

包括申请费、注册费、审核费等，具体费用根据企业人数和认证范围有所不同。

差旅费用：

审核期间产生的交通费和食宿费，通常由企业自行承担。

会计处理方面，这些费用一般会计入管理费用科目下的相关子科目，例如：

预付质量认证费时，会计分录为：借：预付账款，贷：银行存款/库存现金。

收到发票，冲销预付账款时，会计分录为：借：管理费用-服务费 应交税费-应交增值税（进项税额），贷：预付账款。

具体会计科目划分可能因公司而异，需要根据各公司的会计政策来确定