材料报废的扣款处理通常涉及以下几个步骤：

1. 注销报废材料的账面价值：

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借：待处理财产损溢

贷：原材料

贷：应交税费——应交增值税（进项税转出）

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2. 经有关部门审批后，根据报废原因进行处理：

如果报废材料被卖给回收公司，收回的现金应记入：

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借：库存现金

贷：其他收入

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如果由责任人或保险公司赔偿，应记入：

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借：其他应收款

贷：待处理财产损溢

```

扣除以上两项后的净损失，应记入：

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借：管理费用

贷：待处理财产损溢

```

3. 根据《企业所得税法》及相关规定，企业在计算应纳税所得额时，可以将存货的盘亏、毁损、报废损失扣除。

4. 报废的周转材料处理：

如果采用一次转销法，报废时应按报废周转材料的残料价值进行会计处理。

如果采用其他摊销法，报废时应补提摊销额。

5. 报废原因查明后，按管理权限报有关部门审核，等待处理。

以上步骤应结合企业的具体情况和当地税务部门的规定进行操作。