商家返利开票的方式如下：

在原始销售发票中直接减去返利金额

在销售商品或提供服务时，如果双方已经确认了返利的金额，可以在开具发票时直接在发票的金额栏目中扣除返利金额，然后开具净额的发票给客户。这种方式简单直接，适用于返利金额在销售时就已经确定的情况。

单独开具负数发票

如果返利是在销售完成后根据实际销售情况进行的，那么在返利确认后，商家可以单独开具一张负数的发票给客户。这种情况下，发票的内容应当清晰表明是“销售返利”，并在备注栏中注明返利的具体依据和计算方式。这种方式适用于返利金额在销售完成后才确定的情况。

具体步骤

确认开票时间

销售返利一般是按照一定的时间周期进行结算的，在开票前需要确认好结算周期，以便安排好开票时间。

准备开票资料

在开票前需要准备好开票资料，包括销售返利协议、发票申请表、销售明细表等。

提交发票申请

在准备好开票资料后，需要向开票单位提交发票申请。

开具发票

开票单位根据发票申请表开具发票，并在发票上注明销售返利的具体事项和金额。发票上需要包括以下内容：

发票抬头

商品或服务名称

发票金额

发票号码和开票日期

税务登记证明（如果是企业或单位）

付款凭证（如果需要开具增值税专用发票）

领取发票

开票完成后，申请人需要前往开票单位领取发票，并对发票内容进行核对。

注意事项

开具的发票应当符合税务规定，包括发票的基本要求，如发票的抬头、金额、税率等。

根据相关税务文件，平销返利应由收取返利方开具普通发票，并按照规定的计算方法冲减进项税额。

如果涉及到红字发票的开具，需要按照《国家税务总局关于纳税人折扣折让行为开具红字增值税专用发票问题的通知》（国税函1279号）的规定进行操作。

通过以上步骤和注意事项，商家可以合规、准确地开具销售返利发票，确保符合税务规定并支持企业的税务申报工作。