清算差额是指在清算过程中，对每个结算参与人的应收款项和应付款项进行相抵后得出的净额。具体来说，清算差额是在一定时点上，一个清算系统收到的转账金额总数减去发出的转账金额总数后得到的净余额，这个净余额也被称为净结算头寸。

在金融市场中，差额清算通常用于证券交易的结算，其中证券登记结算机构会根据成交结果，清算出各证券公司应收和应付的价款，并在这些款项相抵后的差额在各证券公司的账户上进行划拨交割，办理证券的登记过户手续。

差额清算系统确保了交易的顺利完成，通过计算净余额，可以明确每个参与者在交易结束时的资金状况，从而完成款项的收付。