年终员工奖金的入账流程通常包括以下几个步骤：

计提年终奖金

根据公司的规定和员工的绩效，计算每位员工的年终奖金额。

在财务系统中开立付款凭证，并记录相关信息。

根据公司的财务管理制度，选择合适的付款方式（如银行转账、现金等），并将年终奖金额支付给员工。

在账务处理中，将年终奖金额记入员工的工资账户，并在财务报表中进行相应的核算和汇总。

发放年终奖金时的会计分录

借：应付职工薪酬—奖金

贷：应交税费—应交个人所得税

贷：银行存款

缴纳个人所得税时的会计分录

借：应交税费—应交个人所得税

贷：银行存款

以上步骤涵盖了年终奖金的计提、发放以及个人所得税的缴纳过程。请根据公司的具体情况和会计政策进行相应的会计处理