根据您提供的信息，计算年收入超过12万元应缴纳的个人所得税，可以按照以下步骤进行：

确定应纳税所得额

应纳税所得额 = 年收入 - 起征点 - 专项扣除 - 专项附加扣除。

计算应纳税额

应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。

申报和缴纳

在纳税年度结束后的3个月内，向主管税务机关进行纳税申报，并按时缴纳个人所得税。

以年收入12万元为例，假设没有专项附加扣除和社保扣除，起征点为60000元，专项扣除为五险一金等，那么计算如下：

应纳税所得额 = 120000 - 60000 - 专项扣除

应纳税额 = 应纳税所得额 × 税率 - 速算扣除数

具体的税率和速算扣除数需要根据最新的税法规定来确定，因为税率和扣除标准可能会有更新。

请根据您所在地区的最新税法规定和您的具体情况（如专项扣除、专项附加扣除等）进行计算，并按时申报缴纳个人所得税。