项目回扣的做账需要遵循以下步骤和原则：

合规性考虑

确保回扣行为符合反垄断、反不正当竞争等相关法律法规。

遵守企业内部合规制度，明确回扣的规范使用和合规要求。

银行账户操作

通过银行转账方式支付回扣，避免使用现金。

记录银行交易流水，以备查证和审计。

会计科目选择

根据回扣性质，可选择“销售费用”、“市场推广费用”、“业务费用”等科目。

凭证录入

在会计软件或手工账簿中准确录入凭证信息，包括日期、金额、会计科目等，并附上支持文件。

发票和税务处理

合规开具发票并按规定缴纳税款。

咨询专业会计师或税务机构处理开票和税务事项。