分包抵扣开票的流程通常包括以下几个步骤：

准备资料

分包合同或协议；

分包工程的收入金额确认；

发票代码、号码、开票日期、购买方信息、商品名称、规格型号、数量、单位、单价、金额等开票信息；

税率信息。

税务系统录入

在税务部门注册的税务系统中录入上述开票信息。

选择发票类型

确定是开具增值税专用发票还是普通发票。

确认税率

根据分包工程的性质和适用税率，确认正确的税率。

开具发票

完成信息填写后，通过税务系统开具电子发票。

打印与交付

打印出纸质发票并交予购买方。

税务申报与完税

分包人需按照分包营业额在工程所在地申报纳税，由当地税务机关开具分包发票。

总包方抵扣

总包方在收取全额工程款时，可以凭借分包人开具的已完税发票作为分包工程已完税的依据进行税额抵扣，然后对余额部分开具总包发票并申报纳税。

请确保遵循当地税务机关的规定和要求，保证信息的准确性和合规性。