在财务会计科目方面，事业单位与行政单位存在一些差异。事业单位的财务会计科目比行政单位多了一个“单位管理费用”科目（代码5101），而其他财务会计科目基本相同。不过，在实际业务中，事业单位使用“单位管理费用”科目的频率并不高，通常会选择“业务活动费用”科目来记录经济业务活动事项。

预算会计科目方面的区别在于：行政单位的支出科目归类为“行政支出”（代码7101），而事业单位的支出科目则归类为“事业支出”（代码7201）