适用差额征税的企业主要包括以下几类：

1. 金融商品转让企业

2. 经纪代理服务企业

3. 航空运输企业

4. 旅游服务行业

5. 建筑服务行业

6. 房地产开发企业销售房地产项目

7. 销售不动产的企业

8. 劳务派遣服务企业

9. 人力资源外包服务企业

10. 一般纳税人提供的客运站服务

11. 转让2016年4月30日前取得的土地使用权的企业

12. 安全保护服务即安保服务企业

13. 提供物业管理服务中收取的自来水水费的企业

差额征税的计算方法通常是将企业的销售额按照卖出价扣除买入价、支付的借款利息、发行债券利息、车辆购置税、代收的政府性基金或行政事业性收费、支付给承运方的运费等费用后的余额作为计税依据。