扣发工资通常应计入“应付职工薪酬”科目。具体来说，根据扣款的原因和性质，可能涉及以下几个子科目：

其他应收款：

如果公司已经垫付了某些费用（如水电费、房租、三险一金等），在发工资时需要从工资中扣除并回收，这种情况下应记入“其他应收款”科目。

其他应付款：

如果某些费用（如三险一金）在发工资时先扣除后支付，应记入“其他应付款”科目。

营业外收入：

对于违反单位制度等情况扣除的工资，如矿工扣款等，应记入“营业外收入”科目。

应交税费：

因个人所得税等税务原因扣除的工资，应通过“应交税费”科目处理。

管理费用/营业费用/制造费用：

根据扣款对象的不同（如管理人员、销售人员、生产工人等），可能分别计入“管理费用”、“营业费用”或“制造费用”等科目。

会计分录示例（以发放工资时扣除社保为例）：

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借：应付职工薪酬—工资

贷：其他应收款—代付社保费（在代交时做借：其他应收款）

贷：营业外收入（缺勤扣款）

贷：库存现金/银行存款（实发数）

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请根据具体情况选择合适的科目进行会计处理