分支机构退税的流程通常包括以下几个步骤：

确认原因

分支机构首先需要确认多交企业所得税的具体原因，如计算错误、重复缴税等。

准备材料

准备必要的退税申请材料，包括多交税款的证明、企业所得税缴纳凭证、营业执照副本、税务登记证等相关证件。

提交申请

向分支机构所在地的主管税务机关提交退税申请，通常应在该笔税款所属的纳税期内提出。

税务机关审核

税务机关会对提交的申请材料进行审核，确认无误后，按照规定的程序办理退税。

退税方式

退税一般有两种方式：直接退到企业的银行账户或者抵扣后续应纳税款。

请注意，在申请退税的过程中，务必确保提供的信息真实、准确，以免影响退税进度。

此外，根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第十条的规定，汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，然后按照规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。