企业厂房出租开票流程如下：

确认合同内容

确认租赁合同中的租期、租金、付款方式等细节。

确认发票类型

根据合同内容和税务规定，确定需要开具的发票类型，如增值税专用发票或普通发票。

开具发票

使用税控盘或开票软件，录入租房者信息，查询商品开票编码，选择正确的项目和税率，输入租赁收入金额，并打印发票。

交付发票

将开具好的发票交付给租客，并保存好相应的开票记录和支持材料。

缴纳税金

根据租赁收入计算应缴纳的税金，包括增值税、城建税、教育费附加、印花税和房产税等，并依法缴纳。

其他文件

根据需要，可能需要提供房屋安全检测报告、建筑面积证明、税务登记证明和房产税完税证明等。

请注意，以上流程可能因地区税务规定和实际操作流程有所差异，建议咨询当地税务局或专业税务顾问以获得最准确的信息