留抵税额应记入“应交税费——增值税留抵税额”这一会计科目。具体会计分录如下：

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借：应交税费——增值税留抵税额

贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）

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当留抵税额用于抵减销项税额时，相应减少“应交税费——应交增值税（销项税额）”科目的借方金额。如果留抵税额用于其他目的，如退税，则会计分录会有所不同。

需要注意的是，留抵税额是企业在一定期间内，应交的增值税大于实际缴纳的增值税，形成的增值税留抵税额。留抵税额可以结转至下期继续抵扣