污水处理企业在运营过程中需要缴纳的主要税种包括：

增值税：

污水处理企业提供的服务可能涉及增值税的征收。

所得税：

企业所得需要缴纳企业所得税。

营业税：

某些情况下，污水处理服务可能涉及营业税。

环保税：

根据《环境保护税法》，直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者需要缴纳环保税。但是，依法设立的城乡污水集中处理场所，如果排放的应税污染物不超过国家和地方规定的排放标准，可以暂免征收环境保护税。

污水处理费：

污水处理费通常包含在水费中，用于补偿排污管网和污水处理设施的运行维护成本。

其他可能的税费：

根据地方政策，可能还会有其他相关税费需要缴纳。

请注意，税法和相关政策可能会更新变化，具体情况建议咨询当地税务部门或专业税务顾问以获得最准确的信息