客运运输公司在缴纳税款时，需要遵循以下步骤和规定：

增值税

根据《增值税暂行条例》，客运公司提供的服务包括旅客运输服务，需缴纳增值税。

税率可能因是否为一般纳税人而异，一般纳税人的税率可能是6%，小规模纳税人可能是16%。

企业所得税

根据《企业所得税法》，客运公司需根据年度收入扣除成本、费用、税金等后得出的利润缴纳企业所得税。

税率通常为25%，但小规模纳税人可能适用不同的税率。

个人所得税

客运公司的员工需要缴纳个人所得税，税率根据收入额度和个人居民身份确定。

社会保险费

根据《社会保险法》，客运公司在支付员工薪酬时需向社会保险局缴纳社会保险费，比例依据员工薪酬确定。

其他税费

包括印花税、营业税（已取消，改为增值税）、城市建设维护税、教育费附加、地方教育附加等。

印花税通常按运输合同收入的万分之三征收。

特殊规定

对于提供公共交通运输服务的企业，如轮客渡、公交客运、轨道交通、出租车等，可以选择简易计税方法计算缴纳增值税。

营改增后，运输企业需根据年营业额确定是否为一般纳税人，并计算销项税额与进项税额的差额。

请注意，税率和政策可能随时间变化，具体应参照最新的税法规定和地方财政局的具体规定。