保护小股东权益的措施主要包括：

建立权利制衡机制

强化监事会的权利，使其在特殊情况下可以采取应对措施保护公司利益。

限制大股东的表决权，例如在修改公司章程、增减注册资本等重大事项上需要三分之二以上表决权的股东通过。

对董事会的经营权加以制约。

强化小股东提议权和诉讼权力

小股东可以提议召开临时股东大会，具体依据《公司法》第43条。

扩大小股东的可诉范围，允许小股东在股东大会、董事会决议违反法律、行政法规时提起诉讼。

规定诉讼时效，例如15天，以保护公司决议效力的未决状态。

赋予小股东调查权，当有正当理由怀疑公司存在违法行为时，可请求法院或主管部门调查。

完善股东知情权

强制控股股东披露与公司的关联交易信息，使小股东能进行监督。