判断企业是否存在税务问题，可以通过以下方法：

核查发票金额

检查企业的发票金额是否符合国家规定的增值税计算公式。

调查账务记录

核查企业是否伪造、变造、隐匿或销毁账簿、记账凭证。

检查企业是否在账簿上多列支出或不列、少列收入。

发票管理

观察企业是否存在大量不开具发票、虚开发票或发票管理不规范的行为。

税务申报情况

检查企业是否按照法律规定的时间节点和程序如实、准确地向税务机关申报应纳税款。

财务数据对比

将企业的财务数据与同行业相比，查看是否存在明显异常。

账户资金流向

审查企业是否将收入款项直接打入公司账户，是否存在走私账行为。

设置账外账

检查企业是否存在设置两套账，分别记录收入和费用。

利用税务系统

税务机关利用税务新系统检验企业的税务申报和账务记录。

举报与系统比对

通过消费者举报、离职员工揭露、竞争对手或合作伙伴的线索举报，以及税务机关的系统比对分析。

社保与个税缴纳情况

核查企业是否存在缴纳社保但未申报个税，或在不同公司间重复缴纳社保和个税的情况。

官方信息查询

登录国家信息公示网站或网上税务局网站查询企业的工商税务公示信息。

咨询专业人士

如遇复杂情况，可致电12366税务服务热线请求帮助。

以上方法可以帮助判断企业是否存在税务问题。如果发现企业有上述行为之一，应及时向税务机关报告