在没有运输发票的情况下，企业通常需要遵循以下步骤进行入账处理：

预付款处理

当企业支付运费但尚未收到发票时，可以先将款项计入“预付账款”科目。

会计分录示例：

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借：预付账款

贷：银行存款

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收到发票后的处理

收到发票后，应根据发票内容进行相应的账务调整，将预付款转为实际发生的运费费用。

会计分录示例：

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借：管理费用-运输费

借：应交税金-应缴增值税-进项税

贷：预付账款

```

纳税调整

根据税法规定，没有发票的费用在税前通常不能列支，因此需要在年度汇算清缴时做纳税调增处理。

请注意，以上步骤是基于会计原则和税务规定的一般做法。具体情况可能因企业所在地区和具体业务而异，建议咨询专业的会计师或税务顾问以获得最准确的指导