通勤费用通常应计入管理费用科目。具体会计处理如下：

1. 如果通勤费用是用于接送员工上下班，并且属于员工福利性质，可以计入管理费用科目中的差旅费或交通费。

2. 会计分录示例：

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借：管理费用——差旅费/交通费

贷：银行存款/库存现金

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3. 请注意，根据相关税法规定，这些费用在计算所得税前可能允许全额扣除，但具体情况需要根据当地税法和公司的实际情况来确定。

请核实您公司的具体情况，并依法操作。