当企业扣除质保金时，应当开具“服务费”发票。以下是具体的步骤和要求：

填写发票项目：

在发票开具项目中填写“服务费”。

备注信息：

在发票备注中注明“客户质保金收款”。

结算收款：

将收款发票随客户结算单一起进行结算收款。

请注意，如果是因为质量问题扣除质保金，可能需要配合收款方开具红字发票。