连锁企业在申报纳税时，根据企业的类型和经营方式，有以下几种情况：

1. 直营连锁店：

如果连锁店由总部全资或控股开设，并在总部领导下统一经营，实行统一采购、统一核算、统一规范化管理和经营，则可能由总店向总店所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。

跨区域经营的直营连锁店，在不同级别的行政区划内，需要得到相应级别国家税务局和财政局的审批同意。

2. 自愿连锁企业或特许连锁企业：

门店为独立法人，资产所有权不变，各自独立核算，分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税。

3. 总机构申报纳税：

集中总机构申报纳税的连锁商业企业，由总机构统一计提税款，并按各分支机构销售比例分别到分支机构所在地征收机关申报纳税。

4. “总部—分店”管理模式：

在同一地区或城市内，总部对分店的商品配送作为内部移库处理，统一核算，统一申报缴纳增值税。

在不同地区或城市，可设置地区总部，由总部统一核算后向总部所在地主管税务机关申报缴纳增值税。

纳税申报流程通常包括：

1. 抄报税：纳税人通过开票软件抄税，并向税务机关上传上月开票数据。

2. 纳税申报：纳税人登录网上申报软件进行网上申报，并通过税银联网实时扣缴税款。

3. 清卡或反写：申报成功后，纳税人再次登录税控系统进行清卡或反写。

申报纳税需要准备的材料包括财务会计报表及其说明材料等。

请注意，以上信息可能随政策更新而变化，具体操作应遵循当地税务机关的规定和要求。