工程施工发票的会计处理通常包括以下几个步骤：

1. 收到工程发票时的会计分录：

```

借：工程施工——合同成本

借：应交税费——增值税——进项税额

贷：应付账款

```

2. 实际支付货款时的会计分录：

```

借：应付账款

贷：银行存款

```

3. 工程完工并验收合格后，将“在建工程”转入“固定资产”的会计分录：

```

借：固定资产——XX资产

贷：在建工程——建筑工程——XX工程

```

4. 根据确认的产值确认收入，结转成本：

```

借：主营业务成本——合同成本——某项工程

贷：主营业务收入——某项工程

```

5. 计算并交纳各期应交纳的税金及附加：

```

借：税金及附加

贷：应交税费——应交营业税、城建税等——应交教育费附加

```

6. 如果开出销售发票，会计分录为：

```

借：主营业务收入——某项工程

贷：应交税费——应交增值税（销项税额）

```

以上步骤根据具体的业务情况和会计政策可能会有所调整。请根据您所在企业的实际情况进行会计处理。