开具商业折扣的红字发票通常需要遵循以下步骤：

确认折扣情况

如果商业折扣已经反映在发票上，即销售额和折扣额在同一张发票上分别注明，可以直接按折扣后的销售额开具红字发票。

开具红字发票申请

若发生商业折让，购买方需要向主管税务机关申请开具《开具红字增值税专用发票申请单》。

销售方在收到申请后，根据税务机关的审核结果，出具《开具红字增值税专用发票通知单》。

开具红字发票

销售方根据《通知单》开具红字专用发票，用以冲减原销售额和销项税额。

记账处理

开具红字发票后，销售方应将红字发票的记账联作为冲减当期销售收入和销项税额的凭证。

购买方则应将红字发票的抵扣联作为减少进项税额的凭证。

提交必要文件

销售方可能需要提交的情况说明、申请单原件、增值税专用发票复印件等文件。

购买方可能需要提供《进货退出或索取折让证明单》。

税务系统操作

在开票软件中，进入“发票管理”界面，选择红字发票信息表进行申请。

根据是否已抵扣或未抵扣的情况，填写相应的信息表并填开红字发票。

请注意，具体的步骤和要求可能因地区税务机关的规定而有所不同，建议在操作前咨询当地税务部门获取最新信息。