建设工程的增值税可以通过以下步骤进行抵扣：

销项税计算

销项税等于工程结算金额乘以适用的增值税税率（例如13%或9%）。

进项税计算

进项税是指企业在购买材料、服务时取得的增值税发票上注明的税额，需按照相应的税率计算。

抵扣条件

只有当进项税发票用于增值税应税项目时，才能进行抵扣。

增值税一般纳税人取得的增值税专用发票，应在规定的期限内（例如360天内）进行认证，并在纳税申报期内申报抵扣进项税额。

抵扣流程

提交施工项目相关证明文件，报备税务部门。

根据实际发生的材料增值税金额抵扣相应的应纳税额。

税务部门对抵扣情况进行对账审核。

注意事项

增值税专用发票必须注明建筑服务发生地县（市、区）名称及项目名称。

选择具备一般纳税人资格的建筑服务商签订协议，并确保“货物、劳务及服务流”、“资金流”、“发票流”三流一致。