小微企业的认定通常由工商行政管理部门和税务部门共同负责。具体流程如下：

申请：

企业需向当地工商行政管理部门或税务部门提交认定申请，并提供企业注册证明、财务报表、税务登记证等材料。

审核：

相关部门会对企业的注册资金、从业人员、营业收入等指标进行审核，以及核实企业的纳税情况。

公示：

审核通过后，企业名单会在相关部门网站上公示，接受社会监督。

另外，根据地方政府的具体规定，可能还需要向当地的经济信息委员会或中小企业服务中心提交申报材料，由区（市）县工业和信息化主管部门负责实施认定。