物流货物在运输过程中发生毁损的赔偿方式通常遵循以下原则：

保价运输

若货物已保价，则按照保价金额进行赔偿。

若货物部分损毁，则按照保价金额与实际价值的比例赔偿实际损失。

未保价运输

若货物未保价，则按照实际损失赔偿，但赔偿额通常不超过所收运费的3至5倍。

对于挂号信件，若发生损毁，则按照所收资费的三倍赔偿。

不可抗力、自然性质或合理损耗

如果货物的毁损是由于不可抗力、货物本身的自然性质或合理损耗造成的，承运人通常不承担赔偿责任。

货物损失的具体赔偿

全部灭失：赔偿全部货物价值及运费等。

部分灭失：按比例赔偿。

能修复：赔偿修理费加送修运费。

不能修复但尚能使用：按损失程度减低的价值赔偿。

索赔程序

托运人或收货人应及时向承运人提出索赔，并提供损坏证明。

承运人在接到索赔后应进行核实，并根据实际情况赔偿。

多式联运

在多式联运的情况下，赔偿责任根据区段责任制确定，即根据货物在哪个运输区段发生损坏，适用该区段的相关法律规定。

以上赔偿方式应结合具体合同条款和实际情况确定。