当遇到不能作废的发票时，通常有以下几种处理方式：

开具红字发票

对于电子发票，需要收回原电子发票或取得受票方出具的有效证明，然后通过网络发票管理系统开具金额为负数的红字网络发票。

对于成品油发票，发生销货退回、开票有误或销售折让等情况时，应按规定开具红字成品油专用发票。

对于已认证的发票，处理方式与上述相同。

法律依据

根据《发票管理办法》第二十九条和第二十八条的规定，开具发票的单位和个人必须按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁，并且已经开具的发票存根联和发票登记簿应当保存5年。

申报作废

如果增值税申报表提示税款大于零不能作废，可能是因为企业已经申报且已缴纳税款。此时，需要手工填写正确的申报表，并前往税务局纳税大厅进行修改申报。

其他注意事项

不符合作废条件的发票，需要等待条件满足后再进行作废处理。

发票作废后应作为会计资料留存备查。

对于数电票这类电子发票，不能作废，只能红冲。

请根据具体情况选择合适的处理方式，并遵循税务机关的规定和流程。