企业员工缴纳个人所得税（个税）的流程通常如下：

计算应纳税所得额

应纳税所得额 = 税前工资收入金额 - 五险一金（个人缴纳部分）- 起征点（目前为每月5000元）- 依法确定的其他扣除 - 专项附加扣除。

应用税率和速算扣除数

根据计算出的应纳税所得额，查找适用的个人所得税率表，并应用相应的税率和速算扣除数计算应纳税额。

代扣代缴

企业财务人员根据上述计算结果，从员工工资中直接扣除相应的个税金额。

申报缴纳

企业在月初根据税金信息在地税网上进行综合申报。

完成申报后，打印缴款书并去银行缴纳税款。

个人所得税退税流程 （如适用）：

员工可以通过个人所得税软件进行年度汇算，填报收入、扣除等信息，计算应补（退）税额。

确认无误后提交申报，如需退税则选择申请退税。

注意事项

员工实发工资超过5000元需缴纳个人所得税，5000元及以下不用交税。

纳税人无扣缴义务人时，应在次月十五日前向税务机关报送纳税申报表并缴税。

有扣缴义务人的，由其按月或按次预扣预缴税款。

以上流程可能因地区或具体操作细节有所不同，请以当地税务局的规定为准。