当企业收到劳务差额发票时，入账处理应遵循以下步骤：

确认收入

当收到劳务派遣费时，会计分录为：

```

借：银行存款

贷：主营业务收入

应交税费——简易计税（计提）

```

支付相关费用

支付给劳务派遣员工的工资、福利以及社会保险和住房公积金时，会计分录为：

```

借：应交税费——未交增值税

主营业务成本

贷：银行存款

```

差额扣税

当发生可以差额抵扣的支出时，会计分录为：

```

借：相关支出科目

应交税费——简易计税（扣减）

贷：银行存款

```

申报纳税

在申报纳税时，会计分录为：

```

借：应交税费——简易计税（缴纳）

贷：银行存款

```

请注意，以上会计分录中的金额计算应基于实际支付或应付的金额，以及适用的增值税率。对于小规模纳税人，处理方式可能略有不同，具体应根据企业所属行业的税率和规定进行计算和记账。