水费专票抵扣进项税的处理方式取决于企业的纳税身份和适用的税率。以下是具体的处理步骤和注意事项：

纳税身份

一般纳税人：可以抵扣进项税。

小规模纳税人：通常不能抵扣进项税。

简易计税方法

如果水费是按照简易计税方法征收的，企业可以在计算应交增值税时，将简易计税的税额从销项税额中扣除，以达到抵扣进项税的目的。

账务处理

收到水费专票时，会计分录通常为：

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借：管理费用/制造费用等相关费用账户

贷：应交税费-应交增值税-进项税额

```

发票认证

在增值税综合服务平台对收到的纸质发票进行勾选认证，并申请统计确认签名。

增值税申报表

将认证后的进项税额填在增值税申报表的附表二进项税额对应栏次。

注意事项

根据《增值税暂行条例》，不得抵扣的进项税额项目包括购进固定资产等。

水费属于增值税的征收范围，可以开具增值税专用发票。

如果水费是按照简易计税方法征收，并且税率有所增加，例如从3%增加到6%，企业需要充分说明非税收入的来源，才能享受减免税政策。

请根据您的具体情况，按照上述步骤进行操作，并确保符合最新的税法规定。