物流公司在处理货物损坏的赔偿时，应按照以下步骤进行会计入账：

确定赔偿金额

根据货物损坏的原因，确定赔偿金额。如果货物损坏是由于不可抗力、货物本身的自然性质或合理损耗，以及托运人或收货人的过错造成的，则承运人可能不需要承担赔偿责任。

会计分录

如果赔偿金额已经确定，并且与主营业务直接相关，不应计入营业外支出，而是应记入主营业务成本-其他，或者设立一个二级科目如赔偿费。

借：主营业务成本-其他

贷：其他应付款 或 银行存款/现金

特殊情况处理

如果货物损坏原因未查明，可先记入待处理财产损益，待查明原因后再进行相应处理。

未查明原因前：

借：待处理财产损益

贷：原材料等

查明原因后：

如果是人为原因造成，记入其他应收款。

如果是合理损耗或计量差错，记入管理费用。

如果是自然灾害等不可抗力因素，记入营业外支出。

账目调整

在申报企业所得税时，根据税法规定，赔偿费用通常不允许税前扣除，需要在申报表中调增应纳税所得额。

请根据具体情况选择合适的会计处理方法，并确保遵守相关税法规定。